В 1984 году Баркли был выбран под общим пятым номером драфта командой "Филадельфия 76" (Philadelphia 76ers). Чарльз попал в команду суперзвезд-ветеранов - Джулиуса Ирвинга, Моусеса Мэлоуна и Мориса Чикса, приведших "76-ых" к чемпионству в 1983 году.

В своем первом сезоне Чарльз Баркли набирал по 14.0 очка и 8.6 подбора в среднем за матч и вошел в пятерку лучших новичков сезона (NBA All-Rookie Team). Чарльз стал единственным игроком своей команды, проведшим все 82 игры сезона и 13 игр плей-офф. "Филадельфия" прошла два раунда плей-офф и уступила "Бостон Селтикс" (Boston Celtics) в финале Восточной конференции. В матчах плей-офф Баркли набирал по 14.9 очка и делал по 11.1 подбора.

В сезоне 1985-86 Чарльз обошел Мосеса Мэлоуна по количеству подборов за матч - 12.8 и занял второе место в лиге. Результативность Баркли также заметно выросла - 20.0 очка за матч. И по итогам регулярного первенства он был выбран во вторую пятерку игроков лиги (All-NBA Second Team). "Филадельфия" вышла в плей-офф, где пройдя первый раунд уступила во втором команде "Милуоки Бакс" (Milwaukee Bucks) в борьбе со счетом в серии 4-3. Чарльз набирал по 25.0 очка и 15.8 подбора при попадании с игры в 57.8%.

В сезоне 1986-87 Баркли стал лидером команды после того, как Моусеса Мэлоуна обменяли, а Джулиус Ирвинг завершил карьеру игрока. Чарльз пропустил 14 игр сезона из-за травмы лодыжки. Но несмотря на это он занял первое место в лиге по подборам - 14.6 и прибавил к ним третье место по проценту попадания с игры - 59.4%, а также 13-ое место по набранным очкам в среднем за матч - 23.0. И в первый раз в карьере Чарльз принял участие в матче "Всех Звезд". А по итогам сезона был выбран во вторую пятерку игроков лиги (All-NBA Second Team). "Филадельфия" завершила сезон на втором месте в Атлантическом дивизионе, уступив "Бостону". В первом раунде плей-офф "76-ые" уступили команде "Милуоки Бакс" со счетом в серии 3-2. Баркли набирал по 24.6 очка и 12.6 подбора в среднем за матч.

Сезон 1987-88 стал для Баркли одним из самых удачных в карьере. Он занял четвертое место по очкам в среднем за матч - 28.3, шестое место по подборам - 11.9, третье место по проценту попадания с игры - 58.7% и был выбран в первую пятерку игроков лиги (All-NBA First Team). Этот сезон стал первым, когда Чарльз со своей командой не попал в плей-офф.

В сезоне 1988-89 Баркли стал настоящей звездой НБА. Он в третий раз в карьере принял участие в матче "Всех Звезд" и выйдя в стартовом составе команды "Востока" набрал 17 очков. В регулярном сезоне же Баркли набирал по 25.8 очка и 12.5 подбора в среднем, заняв соответственно 8-ое и 2-ое места по этим показателям. Но выйдя в плей-офф "Филадельфия" уступила команде "Нью-Йорк Никс" (New York Knicks) в первом раунде.

Сезон 1989-90. Баркли занял второе место в голосовании на звание "самого полезного игрока" сезона (Most Valuable Player - MVP), уступив "Мэджику" Джонсону. Чарльз был признан игроком года печатными изданиями The Sporting News и Basketball Weekly. Также Чарльз был выбран в первую пятерку игроков НБА (All-NBA First Team) в третий раз подряд. Занял шестое место по кол-ву очков в ср. за матч - 25.2, третье место по подборам - 11.5 и второе место по проценту попадания с игры - 60.0%. "Филадельфия" одержала 53 победы в регулярном первенстве, уступив в первом раунде плей-офф команде "Чикаго Буллз" (Chicago Bulls) в пятиматчевой серии. Баркли набирал по 24.7 очка и 15.5 подбора.

Сезон 1990-91. Баркли стал самым полезным игроком матча "Всех Звезд" в составе команды "Востока", одержавшей победу со счетом 116-114. Чарльз набрал 17 очков и повторил достежение, установленное Уилтом Чемберлейном в 1967 году, сделав 22 подбора. В четвертый раз подряд был выбран в первую пятерку игроков НБА. И снова "Филадельфия" уступила все тем же "быкам" Майкла Джордана со счетом в серии 4-1. Баркли набирал в серии плей-офф по 24.9 очка и 10.5 подбора.

Восьмой сезон Баркли стал последним в команде "Филадельфия 76". 17 июня 1992 года Чарльза обменяли в команду "Финикс Санз" (Phoenix Suns). На Олимпиаде-92 в Барселоне стал самым результативным игроком Сборной США, набирая 18.0 очка за матч.

Первый сезон в "Санз". В этом сезоне Чарльз впервые получил звание MVP. Баркли набирал тогда по 25.6 очка и 12.2 подбора. Команда "Финикс" вышла в финал НБА, где уступила команде "Чикаго Буллз" с общим счетом в серии 4-2. Но до этого в седьмой игре финала Западной конференции против команды "Сиэттл Супер Соникс" (Seattle Super Sonics) Чарльз набрал 44 очка и сделал 24 подбора.

Сезон 1993-94. Из-за травмы карьера Баркли была под вопросом. Но Чарльз сумел оправиться. И в восьмой раз подряд принял участие в матче "Всех Звезд". Баркли провел всего 65 игр сезона и "Финикс" уступил во втором раунде плей-офф команде "Хьюстон Рокетс" (Houston Rockets).

Сезон 1994-95 Чарльз начал в списке травмированных. Но оправившись от травмы помог своей команде занять первое место в своем дивизионе."Санз" переиграли первом раунде плей-офф команде "Портленд Трейл Блейзерс" (Portland Trail Blazers). Баркли в трехматчевой серии набирал по 33.7 очка и 13.7 подбора в среднем за матч. Во втором раунде "Финикс" уступил "Хьюстон Рокетс" во многом из-за травмы Баркли перед седьмой игрой серии.

19 августа Баркли обменяли в команду "Хьюстон Рокетс", чемпионов 94 и 95 годов

В первом сезоне за "Рокетс" Баркли набирал по 19.2 очка и 13.5 подбора. Очередная травма не позволила Баркли доиграть до конца сезона. Таким образом он провел лишь 56 игр регулярного первенства. А "Хьюстон" проиграл команде "Юта Джазз" (Utah Jazz) в финале Западной конференции.

Сезон 1997-98 стал последним для партнера Баркли по команде - Клайда Дрекслера (Clyde Drexler). Чарльз набирал по 15.2 очка и 11.7 подбора. "Рокетс" выиграли половину матчей регулярного чемпионата (41) и в первом раунде плей-офф уступили "Юте Джазз".

В сезоне 1998-99 после распада великого "Чикаго Буллз" в команду перешел Скотти Пиппен. Баркли провел 42 игры чемпионата, урезанного из-за лок-аута. В первом раунде плей-офф "Рокетс" уступили команде "Лос-Анджелес Лейкерс" (Los Angeles Lakers). И тут у Баркли не заладились отношения с партнером по команде - Пиппеном, после чего руководство "Хьюстона" приняло решение обменять Пиппена в "Портленд".

Сезон 1999-2000 стал для Баркли последним в карьере игрока. Очередная травма постигла звезду. Баркли принял решение завершить карьеру, сыграв последний матч после травмы против команды "Ванкувер Гриззлис". Чарльз провел на площадке 14 минут и набрал 4 очка, а его команда уступила одному из аутсайдеров лиги.